1900年，柯麟出生在广东省海丰县一个小商人家里。后来，柯麟考取了广东公医大学的公费名额，来到广州学医，并在老共产党人彭湃的影响下加入中国共产党。

大革命失败以后，中共中央机关迁往上海，于1927年11月在上海建立了政治保卫机构中央特科，由周恩来直接领导。柯麟参加了特科的工作，他的任务是以医生的身份作为掩护，为革命同志提供避难所。

柯麟被安排到五洲药房挂牌行医。不久之后，传来一个不幸的消息。1929年8月24日，彭湃、杨殷等中央军委领导在上海被捕。经过仔细分析，江苏省军委秘书白鑫有叛党嫌疑。

中央指示一定要想办法摸清楚白鑫的藏身之处和诡秘行踪，而这个引蛇出洞的任务，就落在了柯麟身上。白鑫在国民党第四军工作的时候，曾经认识柯麟，柯麟当时是军医，但他不知道柯麟是共产党员。所以白鑫出卖彭湃之后，还经常到柯麟的诊所看病。柯麟给他看病以后，他还给了300个大洋收买柯麟。然而白鑫没有想到，收下贿金的柯麟回头就把300个大洋交给了周恩来，而白鑫住的地方早已在中央特科的监视下。

惩处了叛徒白鑫以后，柯麟也不得不离开上海，几经周折，于1935年中秋节前后，举家迁往澳门。柯麟在澳门重操旧业，开了一家小诊所，一边靠替人治病养家糊口，一边暗中配合地下工作的各种需要。但是小诊所条件有限，作用不大，柯麟就把目光投向了澳门的平民医院镜湖医院，做了那里的医生。柯麟在澳门工作生活了10多年，柯麟的善举、义举征服了澳门民众和开明士绅，而他们的支持，也为柯麟顺利展开革命工作聚集了人气。

虽然，柯麟在澳门一直是和党组织单线联系，把自己的另一重身份隐藏得很好，但是慢慢地很多人开始怀疑他是共产党员，使他不断惹来杀身之祸。既便如此，澳门赫赫有名的人士，如林炳炎、何贤、马万祺等，还是大力支持柯麟。1946年，镜湖医院实行院长制，柯麟当选为第一任院长。而镜湖医院也逐渐成为他掩护地下工作、救治革命同志的基地。那个时候打仗，伤病员很多，他用各种方法将伤病员安排到镜湖医院接受治疗。

1949年10月，新中国成立的消息传到澳门，澳门的中共地下党已经按捺不住心中的喜悦，但是此时葡萄牙政府严禁共产党活动，而柯麟却在家门口和镜湖医院升起五星红旗。

1951年，党安排柯麟出任广州中山医学院（

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