1941年，陈其尤从贵州息烽监狱被转移到重庆改为软禁。此时的陈其尤，面对国家前途和民族命运，报国无门，内心异常苦闷和彷徨。但是，就在军统爪牙密布的山城，1942年初，陈其尤竟偶然在街上遇到其了少年时代的好友、时任《新华日报》社医药卫生顾问的黄鼎臣，由此接触到了中国共产党人。
据记载，从１９４２年至１９４５年，陈其尤在重庆首先见到的是《新华日报》社秘书长徐迈进，他不仅给陈其尤讲述中国共产党抗日民族统一战线方针和八路军、新四军在敌后英勇抗击日寇的业绩，介绍其阅读《新华日报》和《群众》等宣传中国共产党国是主张的进步报刊，还经常回答陈其尤提出的一些疑难问题。由此，政治上苦于找不到方向的陈其尤，开始对中共领导的新民主主义革命有了崭新的认识。在此后的三年中，陈其尤还秘密与八路军驻渝办事处和中共南方局负责人进行了更深入的联系和交流。特别是１９４４年抗战胜利初见曙光之际，中共南方局曾通过黄鼎臣向陈其尤建议：“中国致公党是华侨爱国力量的一个基础组织，恢复致公党的活动，对海外华侨的爱国行动具有一定的影响”。“致公党应尽快恢复起来并多做工作，以便为战后实现和平民主及复兴祖国的建设事业发挥更大的作用”。这些都更加促使历经沧桑的陈其尤对抗战胜利后的中国致公党应走一条什么样的路、以及如何改组和发展等重大，开始了认真的思考。
１９４５年，中国人民经过八年浴血奋战终于打败了日本军国主义，中国开始有了新的希望。此时国内四亿五千同胞最为热望的就是尽快医治战争创伤，把国家建设成为一个和平民主、团结统一、独立富强的新中国。可是，蒋介石集团为了坚持其独裁统治，企图扑灭民主力量，加紧勾结美帝国主义，积极准备内战。在中国共产党领导的民主进步运动压力下，为了欺骗民众，也为了争取时间调兵遣将，被迫与中国共产党举行重庆谈判，签订“双十协定”。但协定墨迹未干，蒋介石便对庆祝双十协定的群众进行了公开镇压，并于１９４６年６月彻底撕毁“双十协定”，再次把中华民族推入战火之中。这一切，无不使广大民众和海外侨胞更加认清了蒋介石政权的反动本质，寄希望于中国共产党。同时，毛泽东同志《两个中国的命运》和《论联合政府》两部论著的发表，更加坚定了国内进步人士对争取民族复兴道路的选择。
１９４６年初，陈其尤摆脱了国民党特务的控制由重庆到达香港，与坚持在港工作的原中国致公党中央干事会成员陈演生、钟沃梅、严锡煊等汇合，并以陈演生的住所为活动地点积极开展工作。当时，在香港面对致公党的现状，陈其尤首先对致公党的历史进行了进一步的反思。他认为，１９２５年中国致公党成立时，虽号称有４０万党员，但实际这些成员仍隶属于五大洲的洪门团体，致公党只是这些洪门团体的一个联合组织；其二，致公党创建时提出“党领导堂”的决议并未真正实现，“党堂并存”之局面一直存在，各地的致公堂仍然是独立活动；其三，１９４１年香港沦陷后，致公党总部宣布停止活动前的中国致公党，政治上属于旧民主主义政党，还处在“幼年”时代。而此后，不仅原中国致公党中央干事会的成员发生了很大变化，而且，抗战胜利后的国内外形势也发生了巨变——经过抗日战争的洗礼，广大侨胞的政治觉悟普遍提高，他们迫切盼望祖国统一强大，对国共两党有深透认识，恢复与重建中国致公党的时机与条件业已成熟。与此同时，中共港澳工委的连贯、饶章凤、许涤新等同志在致公党的恢复与重建工作中做了大量具体细致的工作，为中国致公党的恢复与重建从思想上、政治上指明了方向。这些都更增强了陈其尤整顿与重建致公党的信心，把致公党改造成为追求民主进步，努力为建设和平、民主新中国而奋斗的政党。
１９４６年至１９４７年初，陈其尤在香港为恢复与重建致公党做了大量工作：（１）恢复致公党总部。由陈其尤、陈演生、黄鼎臣等负责内部事务及与中共、各民主党派进行联系，以取得各方面的同情和支持；由陈演生等负责以总部名义同海外各地组织联系，并征求各地组织对于重建致公党的意见及要求。（２）成立了党务整理委员会，重新登记党员，并组织人力起草党纲、党章及其他文件，以确定党的新宗旨及行动方针政策。（３）自１９４６年７月后，即以中国致公党总部名义召开会议发表文件，向社会各界表明中国致公党的立场和政治主张。如７月６日，致公党以中央干事会名义，在香港《华商报》刊登《致公党组织概况》启事。《概况》申述了致公党的由来及其演变历史，肯定了中国致公党对辛亥革命、抗日战争作出的贡献；阐述了中国致公党“一向以实行民族革命，建立真正的民主共和国为职志”；“反对一党专政”。《概况》还指出，总部正在筹备召开党的代表大会，整顿健全党的组织，使党适应潮流与新局势要求的计划。《概况》发表后，迅速得到了中共和各界民主人士的支持，以及各地致公党（堂）和海外华侨的热烈拥护，各地组织纷纷成立了“整顿委员会”，重新登记党员和整理党务。
然而，恢复致公党的过程并不是一帆风顺的。１９４６年４月国民党驻粤的“挺进队”派人入港，先对陈其尤进行拉拢，后因拉拢不成，他们便捏造了一个子虚乌有的“中国致公党华南总支部”的香港报纸上以陈其尤名义刊登广告，扰乱视听。１９４６年７月，国民党ＣＣ系又利用部分洪门人士对恢复致公党总部持不同意见，操纵了当年在上海举行的“中国洪门全球恳亲大会”，于８月１日策划成立了“中国洪门民治党”，以抵制正在香港积极恢复中的致公党总部。对此，陈其尤一方面顶住压力，亲自介绍黄鼎臣加入中国致公党，还特邀黄鼎臣来港出席中国致公党中央干事会会议。指出，在中国历史的转折关头，在革命与反革命的生死搏斗中，中间党派没有中立的余地，中国致公党只有在中共领导下，与国内各民主党派结成一个人民民主统一战线，才能彻底推翻国民党反动统治，建设一个自由民主、繁荣富强的新中国。另一方面，在陈其尤领导下，中国致公党在恢复过程中还针对１９４６年７月至１９４７年初，国民党政府先后发动全面内战、召开伪国大以及与美国签订出卖国家主权的《中美友好通商航海条约》等一系列涉及国家主权、前途的重大政治事件，以致公党中央干事会名义发表了一系列政治声明，旗帜鲜明地表明了自己的政治立场和政治主张。这些活动不仅对蒋介石反动政权给予了沉重打击，对中国共产党领导的新民主主义革命是一个有力的支持，同时也客观有效地扩大了中国致公党在国内外的政治影响，从而为召开中国致公党“三大”作了政治上、组织上和干部上的准备。
１９４７年５月１日，中国致公党在香港举行了具有重大历史转折意义的第三次全国代表大会。到会的代表有陈其尤、陈演生、黄鼎臣（劈寰）、雷荣珂、钟沃梅、肖重光等四十余人。美国旧金山、马来西亚的代表参加了会议，英国利物浦、美国波士顿以及墨西哥、古巴和大溪地的致公党组织，则委托在港的成员参加这次会议。大会讨论修改了致公党的《政纲》和《党章》，发表了《宣言》、《告海外同胞书》和《致杜鲁门总统文》，并一致决议加入中国共产党领导的人民民主统一战线。据黄鼎臣同志回忆：“‘三大'实际是１９４７年４月下旬召开的，四月底已经闭幕了。但公开宣布‘三大'召开的日期却是五月一日”。“会场就在香港跑马地，是严锡煊的家里。严家当时是致公党的办事处，门口挂了个四方型的铜制牌子，上书：中国致公党。（中共南方局的）连贯同志……关怀并指导了会议。李济深也出席了‘三大'”。“当时的局势十分紧张，国民党的特务到处活动，所以会议是秘密召开的。”
中国致公党第三次代表大会制定的《政纲》规定：“为民族解放，国家富强，人民自由而奋斗”，鲜明地提出了反对帝国主义、封建主义和官僚资本主义的观点。大会通过的《宣言》，提出了解决国是问题的具体步骤和主张。选举产生了中国致公党新的中央领导机构。同时，大会还通过了对致公党今后自身建设具有重要意义并作出许多原则性规定的新《党章》。指出：党员必须“积极参加党内政治生活和国内革命运动”，“对一切损害本党及国家民族利益者进行斗争”。《党章》规定：致公党组织原则“采取民主集中制”，“党内各级机构的负责人概由普选制产生”，“凡党员必须服从党，少数必须服从多数，下级必须服从上级”。这些都是中国致公党历史上前所未有的。由此可见，中国致公党的“三大”不仅指导思想已由旧民主主义上升到了新民主主义的高度，开创了中国致公党参加新民主主义革命的历史新纪元，而且还较好地解决了革命的对象、任务、性质等一系列重大问题，使中国致公党真正成为一个新型的现代意义上的政党，跟上了伟大革命时代的步伐。